Kayes fut la capitale du Haut Sénégal Niger, puis du Soudan français de 1880 à 1920, année où Bamako devint la nouvelle capitale. Située au bord du fleuve Sénégal, la ville fut la porte d’entrée de la colonisation française. En 1881 la construction du chemin de fer Kayes Bamako est lancée. Celui-ci sera opérationnel en 1904.

Aujourd’hui la ville de Kayes vit toujours au rythme des arrivées de train. Kayes a perdu de sa splendeur passée. L’enclavement pèse beaucoup sur l’économie de la ville, toutefois Kayes a gardé un certain charme.